Takaki e Akari si sono conosciuti sui banchi della scuola elementare e da allora, nonostante la vita li abbia separati, il ragazzo non ha mai smesso di pensare all'amica. La nostalgia che prova è talmente forte da spingerlo a cercarla anche dopo molti anni... Cinque centimetri al secondo è la velocità con cui i petali di ciliegio cadono al suolo. Takari spera di poter tornare a contemplare gli alberi in fiore insieme alla sua amata Akari, ma due petali che si staccano insieme difficilmente seguono lo stesso percorso...