Quando Jacob Portman era un bambino, suo nonno amava raccontargli storie della propria fantastica vita nella casa di Miss Peregrine, durante la seconda guerra mondiale, mostrandogli fotografie degli incredibili ragazzi con cui abitava. La morte dell'adorato nonno, in una modalità alla quale Jacob non può credere, porta il sedicenne ad imbarcarsi in una missione per distinguere la realtà dalla finzione. Niente di quello che ha ascoltato, lo può però preparare alla stranezza della casa Miss Peregrine, agli abitanti della casa, con i loro poteri speciali e i loro potenti nemici. Alla fine scoprirà che solo la sua "peculiarità" potrà salvare i suoi nuovi amici.