Un Boeing 777 atterra regolarmente all'aeroporto di New York e rimane immobile sulla pista, a motori spenti. Le tendine sono abbassate, il portellone non si apre, il pilota non risponde alle chiamate radio né i passeggeri al cellulare. Si sospetta un attentato terroristico, ma le forze speciali, incaricate di salire a bordo, si trovano invece di fronte a una scena agghiacciante: sembra che tutti gli occupanti dell'aereo siano inspiegabilmente morti.
Per risolvere il caso vengono convocati Eph Good weather, dell'Ente prevenzione malattie infettive, e la sua collega Nora Martinez. Esaminando i cadaveri i due si accorgono che le vittime non presentano segni né di panico né di agonia; qualunque ne sia stata la causa, la morte deve averli colti di sorpresa. Nemmeno i quattro superstiti trovati per miracolo da Eph e Nora sono d'aiuto, poiché nessuno di loro ricorda nulla.
La notizia dell'accaduto si diffonde attraverso i media e arriva fino ad Abraham Setrakian - un anziano ex professore sopravvissuto all'Olocausto -, l'unico in grado di capire la situazione. L'uomo riconosce che quel fatto inspiegabile è in realtà un'incursione, l'evento a lungo atteso e a cui si è preparato per tutta la vita... Il morbo letale che ha infettato il Boeing si diffonde per le strade di Manhattan, dando inizio a uno scontro in cui gli umani diventano il cibo di misteriosi esseri soprannaturali. Con l'aiuto di Setrakian, Eph dovrà cercare di fermare il contagio e salvare la città prima che sia troppo tardi...
Guillermo Del Toro, affermato regista, e Chuck Hogan, autore di thriller, rinnovano gli schemi del genere horror, facendo de La progenie un romanzo ad alta tensione visionaria che ci trascina nel cuore di un'epica battaglia tra bene e male, vita e morte, umano e disumano.