In seguito allo scoppio delle sanguinose Guerre dei Cloni avvenuto con la battaglia di Geonosis, per le due fazioni è iniziato uno stallo che può essere superato solo da guerrieri d'élite come quelli della squadra Omega, cloni commando dotati di terrificanti capacità in combattimento e di un arsenale letale. Per la squadra Omega, schierata dietro le linee nemiche, le missioni speciali sono sempre le stesse: sabotaggi, spionaggi, imboscate e assassinii. Ma quando la squadra Omega è richiamata d'urgenza su Coruscant, i commando scopriranno di non essere stati gli unici a infiltrarsi nel cuore del nemico. Un'ondata di attacchi separatisti è stata ricondotta a una rete di cellule terroristiche nella capitale della Repubblica, guidata da una talpa nel suo quartier generale. Per identificare e distruggere questa spia separatista e la sua rete terroristica in una città piena di civili, saranno necessarie capacità e abilità speciali. Neppure i generali Jedi, la squadra Delta e un famoso soldato ARC possono eguagliare i Commando della Repubblica. E anche se il loro successo non segnerà la vittoria nelle Guerre dei Cloni, il loro fallimento risulterà certamente nella sconfitta.