Nel 1541, un anno prima dell'istituzione del Sant'Ufficio romano, fu scoperto il Giudizio di Michelangelo nella parete d'altare della cappella Sistina. Negli anni seguenti, mentre si tenevano le prime riunioni del concilio di Trento, Michelangelo affrescò anche la cappella Paolina con le grandiose immagini della Conversione di san Paolo e della Crocifissione di San Pietro. Nelle sue opere trova espressione la crisi religiosa portata a un punto di rottura dalla Riforma luterana, e si riflettono gli orientamenti del grande artista toscano. Amicizie, frequentazioni, sonetti hanno suggerito orientamenti di natura eterodossa, più evidenti nei suoi ultimi affreschi e nelle ultime Pietà da lui scolpite.