Una terribile tempesta di fulmini manda in tilt i sistemi di sicurezza dell'Area 51. Andy si ritrova casualmente nel laboratorio del Team e una squadra di Erasers lo preleva per terminarlo. Intanto, Bryan individua un tunnel e decide di percorrerlo, sperando di riuscire ad arrivare in superficie, prima o poi. Il Capo a Terra della missione Nautilus riceve un segnale satellitare dal sottomarino, capisce di essere stato ingannato e parte a bordo di una lancia d'altura per tentare di riprendersi il sottomarino. James ritrova Helen, che gli rivela chi è in realtà loro figlio Harry. Margareth e Willy, aiutati dal professor Hamilton, riescono a far perdere le proprie tracce ai loro inseguitori.
