Continua la guerra santa dell'Ordine Oscuro. Pur di sconfiggere il Conte del Millennio, intenzionato a distruggere l'umanità, è disposto a tutto, anche a compiere inauditi esperimenti sui propri esorcisti per accrescerne la potenza e ottenere così dei soldati invincibili. Intanto Allen Walker sta per compiere un viaggio nel passato di Kanda e scoprire tutti i segreti del terribile progetto Second Exorcists!