Shiki è cresciuto in mezzo ai robot senza mai incontrare alcun essere umano. E comprensibile che l'arrivo inatteso dell'avvenente "B-tuber" Rebecca scateni in lui gioia, curiosità e un turbine di emozioni. I due, accompagnati dal buffo gattino Happy, prenderanno il volo alla ricerca di avventure attraverso l'immensità dell'universo. Fiutando l'odore dei soldi, Drakken Joe si è messo sulle tracce dell'Edens Zero. Shiki e i suoi compagni, dopo aver sconfitto la Dama Scarlatta e liberato il pianeta Sun Jewel, decidono però di dirigersi spontaneamente verso la gigantesca corazzata che il nemico usa come base, trasformandosi da prede in cacciatori. Quella di passare al contrattacco sarà stata una buona scelta... o porterà a conseguenze funeste?