XXXI SECOLO. DA TRECENTO ANNI la rete del teleporter che permetteva i viaggi istantanei attraverso la galassia è stata distrutta, e con essa è finita l'Egemonia dell'Uomo. La Chiesa dei cristiani rinati ha scoperto il sistema per controllare la resurrezione e ottenere l'immortalità e domina, con metodi da Inquisizione medievale, l'intero universo. Chi non si converte è destinato a morire.

In questo complesso scenario si trova a vivere Raul Endymion, rinchiuso in una prigione-asteroide in uno stato sospeso, contemporaneamente vivo e morto, per avere ucciso accidentalmente un uomo. A salvarlo dall'esecuzione arriva però Martin Sileno, uno dei sette pellegrini di Hyperion, che gli propone di aiutarlo a salvare la nipote adottiva, Aenea, dalle legioni papali. Aenea, dotata di poteri messianici, è la figlia della pellegrina Brawne Lamia e del cibrido John Keats e la Pax è disposta a tutto pur di fermarla. Insieme a lei Endymion si troverà a compiere un viaggio attraverso miriadi di pianeti, scoprendo infine il ruolo cruciale suo e di Aenea nella lotta globale tra lo Shrike, la Chiesa, le intelligenze artificiali del TecnoNucleo decise a cancellare per sempre la storia dell'umanità.