I nove libri pervenuti del "Commento a Giovanni" di Origene commentano il prologo, il battesimo di Gesù al Giordano, la cacciata dei mercanti dal tempio, la controversia con i giudei e la profezia di Caifa, la lavanda dei piedi, la preghiera di Gesù al Padre. Inizialmente sollecitato dalla polemica con Eracleone gnostico, Origene si confronta direttamente con il testo di Giovanni fino a lasciarsi prendere esclusivamente da questo. Il piano speculativo proprio del Commento lascia intravvedere il contesto scolastico dell'elaborazione, del procedimento ipotetico, della genesi del pensiero. D'altra parte la differenza dei luoghi, dei tempi, degli interlocutori all'origine dello scritto esalta la continuità di una tensione di ricerca che mai si allenta. Lo studio segue lo svolgimento dell'esegesi origeniana e su questa via per così dire sistematica rinviene la profondità del disegno dell'opera, che ha il suo centro nell'intersezione di pensiero cristologico e pensiero trinitario.