James torna a casa, dove può constatare che tutto scorre in maniera tranquilla. Troppo tranquilla. Riflettendo, si rende conto di non aver voluto credere a Helen soltanto per timore di veder sgretolare il proprio mondo, allora decide di approfondire alcune questioni. Il chimico e il meccanico che avevano avuto a che fare con l'indagine di Helen muoiono. Abel Parker, collaboratrice di fiducia del Presidente, aggredisce Willy nel tentativo di farsi rivelare un certo segreto. Un membro dell'equipaggio del Nautilus muore a poche ore dall'inizio della discesa verso gli abissi; la missione prosegue comunque e le telecamere del batiscafo individuano i resti di Atlantide. La mitica isola è ancora intatta perché protetta da una cupola di energia gelatinosa nella quale sono imprigionate la carcassa dello Shuttle Atlantis e quelle di molti altri velivoli e imbarcazioni.
