Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... I membri dell'Agenzia Tuttofare si introducono nel corpo della domestica meccanica Tama allo scopo di sterminare dei cyber virus parassiti, e vi trovano all'interno... un altro Gintoki intento a combatterli?! Ma c'è agitazione anche nei pressi del quartier generale e di Yoshiwara...