Il mistero di un libro proibito affascina Paolo, un giovane allievo di Galileo Galilei, allora insegnante all'università di Padova. Perseguitato dall'inquisizione fuggirà rifugiandosi tra le barene della laguna veneta dove inizierà una nuova vita. Anticipatore dei principi dell'illuminismo, è però anche inconsapevolmente egoista; ciò lo porterà a illudere nell'amore una giovane ragazza indigena, Maria. Si perderà tra amori, a volte perversi e animaleschi, nella libertina Venezia, fino a che, dalle acque limacciose della laguna, riemergerà il mistero che aleggia attorno al libro proibito. Dalla tragedia e dalle avversità, solamente Maria riemergerà intatta nella purezza del suo spirito, grazie alla tenacia che da sempre caratterizza le genti della laguna. Sarà lei, dunque, l'unica vera eroina dell'epopea di una civiltà metà contadina e metà marinara, abituata a lottare contro gli eventi, a prescindere da qualunque speculazione religiosa o filosofica.