Venezia, maggio 1313. Mentre fervono i preparativi per la festa della Sensa, che culminerà con lo Sposalizio del Mare, l'acqua alta trascina in piazza San Marco i cadaveri di tre bambini crocifissi. Un anziano ebreo ingiustamente accusato dell'omicidio si toglie la vita in carcere, lasciando sul muro della cella una frase latina che non svela nulla. Ma allora perché si è dato la pena di scriverla con il sangue? La macabra scoperta sembra in qualche modo collegata al Sefer-ha-Razim, il Libro dei Misteri, dettato secondo la leggenda dall'angelo Raziel a Noè che lo trascrisse su una tavoletta di zaffiro.

Questo è il caso che Mondino de' Liuzzi, medico anatomista dello Studium di Bologna, è chiamato a risolvere a Venezia. Ma subito Mondino si scontra con il nobile che ha ordinato l'arresto dell'ebreo, con la donna che ama, con quella che ha amato e forse ama ancora e persino con il suo amico Gerardo. Il giovane, che aveva fatto parte dell'ordine dei Templari, si rifiuta di aiutarlo, perché anche lui ha una missione da compiere: mettere in salvo la mappa per raggiungere le misteriose terre australi al di là dell'oceano, di cui qualcuno ha trovato traccia nel Liber floridus di Lamberto di Saint-Omer.

Ha inizio così una vicenda d'intrigo e di morte, in cui Mondino sfida il potere di Venezia e, a rischio della sua sopravvivenza, dovrà sciogliere l'enigma di una stirpe di custodi che risale all'epoca del diluvio, in un'implacabile corsa contro il tempo.