Il tema più importante dell'opera di Mainardi è rappresentato dall'idea, più volte espressa e argomentata, che il corpo umano è un ecosistema. Un ecosistema in cui il corpo cellulare è un semplice contenitore, che la parte microbica è la più importante, e che quindi che la nostra forza sta nei processi riparativi, rigenerativi e di controllo delle funzioni dei nostri organi, sistema immunitario incluso, e che la forza del microbiota è data dalla biodiversità dei suoi componenti. Risulta quindi evidente che la dieta ottimale è quella in grado di mantenere forte, ossia biodiversificato, il microbiota stesso.