Dopo essere stato aggredito e quasi ucciso in Indonesia, Jason Bourne decide di fingersi morto e crearsi una nuova identità, per scoprire chi vuole assassinarlo. Intanto, un aereo di linea americano viene abbattuto nei cieli egiziani, a quanto pare da un missile iraniano: il mondo è sconvolto, e tutti si chiedono se si sia trattato di un incidente o di un attacco deliberato. A investigare sull'accaduto è una squadra internazionale assemblata in tutta fretta e capeggiata da Soraya Moore. Quando l'indagine di Bourne si intreccia con quella di Soraya, l'obiettivo diventa uno solo: impedire che si scateni una nuova guerra mondiale. Ma potrebbe essere troppo tardi.