Oltre che umanista e teologo di fede protestante, Melantone fu vero e proprio filosofo. In un periodo in cui in ambito luterano c'era profonda disaffezione per la filosofia, egli offrì alla causa della Riforma un sistema filosofico in accordo con i principi protestanti fondamentali e gli attribuì una precisa sfera d'indagine, quella della natura e delle sue leggi. Costituita da tre libri dedicati allo studio sistematico del cosmo e dal De Anima, che ne applica in campo antropologico le tesi, la Fisica - principale opera filosofica di Melantone - si propone infatti di conciliare le leggi dell'universo con una natura umana dotata di libertà e affermare, al di là della netta distinzione tracciata, la reciproca necessità di filosofia e vangelo: la fisica è necessaria per chiarire i punti controversi nelle dispute religiose e, al contempo, solo il vangelo può dare alla nozione filosofica di natura tutta la sua ampiezza e validità.