Affiancando ardite ipotesi ai riscontri anatomico-osservativi, Descartes propone per lo studio della fisiologia il modello di un automa meccanico, che permette di riprodurre le funzioni psicofisiche dell'uomo. In questo modo il corpo umano diviene l'espressione di un continuo modificarsi della materia ad opera del movimento. Nello studio delle "passioni dell'anima", egli sottolinea l'importanza di conoscere i meccanismi fisiologici responsabili dei processi psicologici. Con queste premesse, all'interno di una visione essenzialmente meccanicistica, trova spazio la dimensione morale della medicina, che riassume in sé lo studio di tutte le modulazioni funzionali applicabili ai due aspetti della vita animale: l'aspetto puramente vegetativo e l'aspetto cognitivo.