Anno 0133 dell'Universal Centurg. Un'era pacifica, dopo la fine della Guerra per la fondazione di Cosmo Babilonia. Attorno all'area di Giove un ragazzo terrestre, Tobia Arronax, scopre l'esistenza di pirati spaziali che usano Mobile Suit simili a Gundam. Dopo l'incontro con una misteriosa ragazza si lancia con i pirati della Crossbone Vanguard nella battaglia contro l'Impero di Giove, Inizia così una nuova avventura ambientata dieci anni dopo "Mobile Suit Gundam F91".