A causa di un eccessivo incremento demografico della popolazione mondiale, gli esseri umani hanno iniziato a trasferirsi nello spazio. Nel 79° anno di questa era, in una zona invasa da detriti e tormentata da scariche elettriche, infuria la battaglia tra il Principato di Zeon e le forze della Federazione per il controllo del territorio... Dopo l'attacco a sorpresa sferrato alla città sull'acqua chiamata "Rig", Io viene a sapere che la sua ex fidanzata Claudia è caduta prigioniera degli Zeoniani. Nel frattempo Daryl, entrato in sintonia con la ragazza, decide di tradire Zeon per mettersi al servizio dell'Alleanza dei Mari del Sud, allo scopo di pilotare di nuovo lo Psycho Zaku e aiutare Kara, regredita a uno stadio infantile...