Il mondo è devastato dalle guerre combattute dagli extend, soldati il cui corpo è stato ibridato con armi biomeccaniche. Juzo Inui è un reduce tornato alla vita civile. Incapace di ricordare il proprio passato prima dell'operazione che lo ha reso un extend, vive ai margini della società occupandosi di crimini in cui sono coinvolti i suoi simili. Io, uno dei fratelli di Tetsuro, ha deciso di ribellarsi a Honest, che nel frattempo ha assunto il controllo della Beruhren. Juzo, Mary e lo stesso Tetsuro cercano di fermarlo per salvare Rinko, tenuta prigioniera, e recuperare il "cervello ausiliario in parallelo"...