I ninja, un tempo glorioso reparto in forze all'esercito giapponese, fu smantellato dopo la Seconda Guerra Mondiale e da allora sembrano scomparsi. Tuttavia, in realtà, esiste ancora in segreto e si dice che il suo numero sia addirittura di 200 mila unità. Camminano tra di noi, si nascondono in piena vista, in attesa di ordini per la loro prossima missione. Ad alcuni di loro, però, di ordini non ne arrivano mai! E questo il caso di Kuro Kumogakure, un giovane ninja disoccupato che non studia, né cerca altri lavori. Dopo una lunghissima attesa, Kuro riceve finalmente una missione da parte dei suoi superiori: è il momento di dimostrare che anche lui è un ninja a tutti gli effetti.