La raccolta del Museo di Napoli documenta i più interessanti siti preistorici ritrovati nell'Italia meridionale: scavi storici come quelli della Grotta di Petrosa, la necropoli di Murgia Timone, la Grotta dello Zachito, dove alla fine dell'Ottocento furono ritrovati rari materiali dell'Età del Bronzo, o gli scavi di Stevens e Osta nella Cuma preellenica e nella Valle del Sarno, che rivelarono reperti dell'Età del Ferro; e i celebri scavi della necropoli del Gaudo, le tombe eneolitiche di Materdei a Napoli. Il Museo si è arricchito negli ultimi anni di preziosi ritrovamenti da Capua, da Calatia, da Palma Campania, dove i reperti del Bronzo antico testimoniano un villaggio poi sepolto dall'eruzione del Vesuvio del 1800 a.C.; dall'insediamento dell'Età del Bronzo sull'isolotto di Vivara; da Licola, da Piano di Sorrento, da Monte Sant'Angelo e Montagna Spaccata nell'area flegrea.