La storia della Compagnia di Gesù è puntellata da continui scontri: papi che intervennero nel tentativo di modificarne l'Istituto, ordini religiosi pronti a denunciarne la sua natura ereticale, poteri laici ostili pronti ad accusarla di trame eversive contro lo Stato. Tutti aspetti che andarono ad alimentare uno specifico antigesuitismo di matrice cattolica e contribuirono a costruire una immagine dell'ordine gesuitico come corpo compatto e braccio armato del papato romano. Sul finire del Cinquecento la Compagnia di Gesù fu segnata da un movimento di contestazione interna al quale parteciparono gesuiti di diversa formazione, tutti legati dall'intento di ricondurre l'ordine gesuitico allo spirito del fondatore, sant'Ignazio di Loyola. La seconda generazione di gesuiti manifestò ostilità verso la storia del proprio ordine religioso, e attraverso una intensa attività di denuncia giunse a mettere in discussione i pilastri dell'organizzazione gesuitica, come la figura del generale eletto a vita o il sistema interno di professione religiosa. Tra le diverse anime da sempre presenti nella Compagnia si accese un'aspra lotta che mise a rischio la sopravvivenza stessa dell'ordine, e la battaglia che allora si scatenò intorno all'eredità del Loyola lascia emergere i conflitti attraverso cui si compì la ridefinizione dell'identità gesuitica, e i mezzi e le forme mediante cui si strutturò il suo rapporto con la Controriforma cattolica.