Di umile schiatta nacque il dì 21 ottobre 1672 in Vignola, terra del Modenese, ed ebbe in età fanciullesca un dozzinale maestro di rudimenti di lingua latina da cui spesso distaccavasi volentieri per deliziarsi nella lettura dei romanzi della francese Scudery. Si portò giovanetto a Modena, dove vestì l'abito chericale, e dove sortir potè migliori institutori, ch'egli seguitò con fervore. Iniziato già nelle leggi e nella moral teologia, volealo il padre di nuovo in Vignola a fine che tornasse utile alla bisognosa famiglia, ma preso avendo grande affetto alla poesia, alla eloquenza ed alla conversazione di svegliati ingegni, egli ottenne di non distaccarsi da una città che ben presto riconobbe in lui un prodigio di spirito e d'ingegno. Il celebre P. Benedetto Bacchini si prese singolar cura nel dirizzarlo a' migliori studi, come pur fatto avea col Maffei, sicchè potè quegli dirsi il padre de' due più grandi Italiani del suo secolo. La lettura delle opere di Giusto Lipsio invaghì il Muratori dell'antica erudizione, e, voglioso d'impadronirsi della lingua greca, seppe riuscirvi da sè solo dopo ostinata fatica. La fortuna gli rise intanto propizia nell'incontrare a mecenati il march. Gio. Gioseffo Orsi, bolognese, e monsig. Anton Felice Marsigli, vescovo di Perugia, e col mezzo loro potè esser invitato dal conte Carlo Borromeo di Milano a prender posto nella famosa biblioteca Ambrosiana. Laureatosi prima in leggi con istraordinario applauso, si recò subito a Milano alla fine dell'anno 1694, dov'ottenne titolo di dottore dell'Ambrosiana, e prima che terminasse l'anno susseguente venne ordinato sacerdote. Primo e nobil saggio del suo utile rovistare i codici della biblioteca furono gliAneddoti latini, a' quali succedettero gli Aneddoti greci, e sì agli uni come agli altri aggiunse illustrazioni di antichità cristiana, e di disciplina ed erudizione ecclesiastica. Salì in rinomanza; e non toccava ancora il suo vigesimoquinto anno, che già i primi letterati italiani, un Noris, un Bianchini, un Ciampini, un Sergardi, un Magliabecchi, un Salvini, e que' di oltremonti, un Mabillon, un Ruinart, un Montfaucon, un Gianningo, un du Pin, un Baillet, un Papebrochio gli dimostravano grande benevolenza e considerazione. Cinque interi anni si passarono da lui nell'Ambrosiana, frammischiando a' serj studi anche i più gentili, intervenendo alle accademie che allora s'instituivano, e strignendo amicizie considerevoli, siccome fu quella del valente numismatico Gio. Antonio Mezzabarba, e l'altra del valoroso poeta Maggi, che mancato a' vivi l'anno 1699, ebbe nel Muratori lo scrittore della sua Vita. Le indagini genealogiche che allora per commissione dell'elettore di Hannover si facevano a fine d'illustrare l'origine italica della casa di Brunsvico derivata dal ceppo Estense, impegnarono il sovrano di Modena, Rinaldo I, a richiamare il Muratori alla contrada nativa, ed egli, rassegnato ad obbedire al suo signore, quantunque con pena lasciasse gli amici di Milano, l'anno 1700 fu reduce a Modena, dove si tenne costantemente fermo pel mezzo secolo che tuttavia visse, rinunziando poi ad ogni offertaglisi più splendida fortuna, ed il più bel fregio diventando della biblioteca Estense. Concepì in patria il grandioso disegno dell'opera delle Antichità Italiane del medio evo, libro immortale e senza cui non avremmo forse oggidì nè le storie del Gibbon, nè quelle del Sismondi. Nacquero intanto in Italia piati e puntigli per lo dominio di Ferrara e di Comacchio, e 'l nostro Bibliotecario non poche scritture pubblicò, che 'l misero anche in voga d'uno de' più scienziati pubblicisti, ed in fatti riuscì tale da rapir di mano la palma al Fontanini, bellicoso campione dei diritti della corte romana.