Tra i problemi posti dalla critica letteraria al Protovangelo di Giacomo c'è l'autonomia dei capitoli 22-24 rispetto ai precedenti e l'eventuale loro fonte: infatti queste ultime pagine, occupandosi quasi esclusivamente di Zaccaria, sembrano discostarsi dai personaggi che finora avevano animato la narrazione protogiacobea (Anna e Gioacchino, Maria e Giuseppe), assieme a qualche altra figura di contorno (Ruben, Giustina, i figli di Giuseppe, il sommo sacerdote, Annas, l'ostetrica, Salòme, i magi...). Secondo alcuni studiosi di ambito tedesco, seguiti da diversi altri, i capitoli finali proverrebbero da un documento a parte, che è stato chiamato Apocryphum Zachariae, inserito tardivamente nel corpo del testo e del quale costituirebbe una delle tre sezioni corrispondenti ad altrettanti documenti: il primo, il più ampio, riguarderebbe la vita di Maria (cc. 1-16), il secondo si occuperebbe di Giuseppe e di qualche altra persona al momento della nascita del figlio di Maria (cc. 17-21) e il terzo sarebbe appunto l'Apocrifo di Zaccaria (cc. 22-24).