L'alchimia rappresentò per Isaac Newton la vera via in cui cercare i tratti di quell'energia che segna il ritmo della manifestazione. Visse con l'irrequietezza tipica di chi cerca con timore l'essenza di un fenomeno che riconosce di natura ultraterrena. Per questa ragione i sui appunti di alchimia sono un'intricata rete simbolica, perché il suo enorme timore di fronte a questa energia sconosciuta, che sia essa Dio, Apollo o un Grande Architetto, non può conciliarsi con una scrittura diretta, chiara e precisa di ciò che avveniva in laboratorio.