Nel corso del XVII secolo, la controversia sulla natura dei fossili assunse un'importanza senza precedenti nelle opere di filosofi e studiosi di storia naturale. In contrapposizione alla tradizionale interpretazione dei fossili come pietre prodotte dalla capacità creativa della Natura, iniziò ad affermarsi l'idea che i fossili fossero resti di esseri viventi. L'opera del messinese Agostino Scilla (1629-1700) fu uno dei primi testi che propugnano l'origine organica dei fossili. Scilla, che era un pittore, fece appello alle qualità di osservazione e di oggettività proprie dell'artista per sostenere l'importanza della metodologia empirica. Il testo di Scilla segna un momento fondamentale nella nascita della geologia come disciplina scientifica, ma è soprattutto una testimonianza esemplare delle forze teoriche speculative che sostennero l'affermarsi del primato dell'esperienza nelle scienze moderne.